在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打海底总动员国语。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。　　变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗...

南光太郎和秋月信彦在一个日食的日子出生、并且以兄弟的身份被扶养长机器人总动员国语。信彦的父亲，秋月总一郎是秘密组织戈鲁戈姆的成员之一。在光太郎和信彦19岁生日那天，两人被这个秘密组织捉去改造成为戈鲁戈姆的支配者·创世王的候补者·世纪王。世纪王·黑日必须和世纪王·影月进行赌上性命的战斗，胜者就可以成为新一任的世纪王。但是被改造成为黑日的光太郎在秋月总一郎的帮助下，成功在脑改造手术前逃脱出来。此后光太...